Trường HV Hậu Cần thuộc khối các trường quân đội. Hệ quân sự là hệ đào tạo cho quân đội. Khi sinh viên theo học hệ này sẽ được chu cấp hoàn toàn từ học phí đến ăn, ở…Sau khi tốt nghiệp sẽ được phân công tác về các đơn vị thuộc quân đội.
Đối với hệ dân sự thì phương thức đào tạo không khác so với các trường ĐH khác. Nghĩa là sinh viên vẫn phải nộp học phí, và tự túc chi phí trong quá trình học tập. Sau khi tốt nghiệp thì sẽ tự tìm việc làm… Về phương thức đào tạo thì ở cả hai hệ này sẽ không khác nhau nhiều.
Thường thì điểm chuẩn hệ quân sự sẽ cao hơn điểm hệ dân sự vì những điều đã giải thích ở trên.
Năm 2009 là năm đầu tiên HV Hậu cần tuyển sinh hệ Dân sự và điểm chuẩn ở mức không cao (14-15 điểm).
Thủ tục làm hồ sơ ĐKDT ở mỗi hệ đào tạo là khác nhau. Đối với hệ quân sự thì tuân thủ theo quy định của Bộ Quốc phòng đó là phải tham gia sơ tuyển tại Ban chỉ huy quân sự địa phương nơi em đăng ký hộ khẩu thường trú. Chỉ khi đáp ứng được yêu cầu sơ tuyển thì em mới được cấp hồ sơ (theo mẫu của Bộ quốc phòng) để làm thủ tục ĐKDT.
Đối với hệ dân sự thì em phải tuân thủ theo quy định của Bộ GD-ĐT. Nghĩa là em mua hồ sơ ĐKDT theo mẫu của Bộ GD-ĐT sau đó điền đầy đủ thông tin và nộp theo tuyến Phòng, Sở GD-ĐT theo đúng thời gian quy định.