Trẻ sơ sinh bị viêm kết mạc mà biết trước mẹ có nhiễm lậu cầu hoặc nhuộm soi bệnh phẩm mủ mắt có song cầu gram âm nội bào nên được điều trị với ceftriaxone hoặc cefotaxime xem Bảng: Khuyến cáo liều đề nghị của một số thuốc kháng sinh dùng đường tĩnh mạch ở trẻ sơ sinh Khuyến cáo liều đề nghị của một số thuốc kháng sinh dùng đường tĩnh mạch ở trẻ sơ sinh ) ngay, trước khi có kết quả xét nghiệm khẳng định.
Trong bệnh mắt chlamydia, cần điều trị kháng sinh toàn thể, bởi ít nhất một nửa số trẻ sơ sinh có chlamydia mắt có kèm theo viêm mũi họn hoặc viêm phổi do chlamydia. Khuyến cáo điều trị với Erythromycin ethylsuccinate 12,5 mg/kg uỗng mỗi 6 giờ trong 2 tuần hoặc 20 mg/kg uống 1 lần/ngày trong 3 ngày Hiệu quả của liệu pháp này chỉ là 80%, vì vậy cần có điều trị lần 2. Hiệu quả của liệu pháp này chỉ là 80%, vì vậy cần có điều trị lần 2. Vì sử dụng erythromycin ở trẻ sơ sinh có liên quan đến sự phát triển của hẹp miệng phì đại môn vị Hẹp phì đại môn vị Hẹp phì đại môn vị là tắc lòng môn vị do phì đại cơ môn vị. Chẩn đoán bằng siêu âm ổ bụng. Điều trị là phẫu thuật. Hẹp phì đại môn vị có… đọc thêm (HPS), tất cả trẻ sơ sinh điều trị với erythromycin phải được theo dõi về các triệu chứng và dấu hiệu của hẹo phì đại môn vị, tư vấn cho bố mẹ trẻ biết về nguy cơ này.