Do cuộc sống bầy đàn với số lượng thành viên cực lớn, để chống lại tác hại của mối, không thể chỉ nhắm vào từng cá nhân đơn lẻ. Bên cạnh việc xử lý để chống lại sự xâm nhập phá hoại của đàn mối, người ta còn tìm nhiều biện pháp để diệt mối cả hệ thống tổ, với mục đích quan trọng nhất là phải diệt được mối Chúa.
Loài mối “gỗ khô” có thể phát hiện tổ một cách đơn giản, thông qua đặc điểm sinh sống đục gỗ thành các khe dích dắc, vừa khai thác thức ăn vừa làm nơi cư trú. Do tổ mối loài này hình thành từ bằng những hạt phân đùn ra ngoài như hạt cát nên chúng còn gọi là mối “đống cát”..
Các loài mối khác trong công trình trong đó có loài mối nhà (copt-formosanus), tổ phần lớn nằm dưới nền nhà hoặc trong ruột panen, tổ phụ có thể xuất hiện ở góc tường, trên trần nhà v.v… Để tìm được tổ các loài trên, người ta thường dùng các dụng cụ phức tạp như máy dò đồng vị phóng xạ, siêu âm, hoặc đo điện trở v.v…