Hiện nay, khoa học chưa tìm ra nguyên nhân cụ thể gây ra bệnh nhiệt miệng, chỉ có thể xác định đây là một trong những bệnh có liên quan đến môi trường, chế độ dinh dưỡng, sinh vật gây nhiễm trùng, độc tố trong chế độ ăn, ký sinh trùng hoặc do thiếu hụt dinh dưỡng như axit folic.
Tổn thương trong miệng có thể kể đến các nguyên nhân như: đánh răng quá mức, tai nạn khi chơi thể thao cắn vào má bên trong miệng; sử dụng thức ăn nhạy cảm; thiếu hụt lượng vitamin B12, kẽm hoặc sắt; phản ứng dị ứng với một số vi khuẩn trong miệng; những thay đổi hormone trong thời kỳ kinh nguyệt hoặc do áp lực.
Nhiệt miệng kéo dài sẽ ảnh hưởng nhiều đến sức khỏe do quá trình hấp thụ thức ăn bị hạn chế, chính vì vậy cần có biện pháp điều trị kịp thời để hạn chế các tác hại của bệnh.