Một số sự khác nhau có thể thấy:
Về đối tượng người xem
Cartoon thường nhắm tới lứa tuổi trẻ em.
Anime có thể nhắm tới nhiều loại đối tượng: trẻ em, thanh thiếu niên, hoặc cả người lớn, đó là chưa kể đến các thể loại như hentai hay ecchi.
Về nội dung
Cartoon thường nhằm mục đích gây cười cho người xem.
Anime thường dựa trên cốt truyện từ manga, hoặc tiểu thuyết light novel (loại tiểu thuyết danh cho lứa tuổi học sinh trung học). Do vậy, anime đề cập tới nhiều khía cạnh của cuộc sống thay vì chỉ mục đích tạo tiếng cười. Anime thường là một câu chuyện dài gồm nhiều tập và có liên hệ với nhau. Trong khi cartoon nếu có làm nhiều tập thì các tập cũng độc lập và không có sự liên kết với nhau.
Về cách tạo hình nhân vật
Cartoon thường tạo hình đơn giản, các nhân vật thường có sự phóng đại thái quá về mặt cử động (do mục đích để tạo tiếng cười). Các nhân vật có thể rất khác so với hình ảnh thực tế ngoài đời. Nói cách khác nhân vật trong carton thường bị biến dạng quá mức.
Anime: do anime thường xuất phát từ manga nên tạo hình của anime thường chính là tạo hình sẵn có của manga. Mà tạo hình manga khá sát thực nhất là các biểu lộ cảm xúc của khuôn mặt. Đôi mắt thường vẽ lớn, vì thế thậm chí có thuật ngữ là “anime eyes” để chỉ mắt to theo kiểu anime. Cách tạo hình cơ thể trong anime cũng gần với người thật hơn.