Mật ong chưa tiệt trùng có thể chứa các pyrrolizidine alcaloid nếu những con ong đang thu thập mật hoa hoặc phấn hoa từ các cây trồng có hại. Các PA này có thể dẫn đến xơ gan, ung thư và được loại bỏ bằng cách thanh trùng.
Một vấn đề khác của mật ong là nó có thể gây ngộ độc. Botulism (một loại độc tố thần kinh, có thể gây tê liệt các bó cơ thần kinh và là nguyên nhân gây tử vong đối với con người và nhiều động vật) gây tử vong với liều lượng nhỏ nhưng nồng độ trong mật ong đủ thấp để người trưởng thành khỏe mạnh có thể ăn nó.